On parle souvent de la « Section de Moutier » ou de la « Section prévôtoise » ; en réalité, il s'agit de la « Section de La Prévôté », qui recouvre à peu près tout le district de Moutier d'avant les plébiscites.
La Section d’Erguël, fondée en 1849, a formé une seule Section avec Moutier jusqu'en 1861. C’est à ce moment-là que naît la Section de Saint-Imier.
Tout se décante lorsque l'Assemblée générale (AG) de la Société-mère siège dans le district de Moutier, pour la cinquième fois depuis 1850. Le président local Édouard Boivin, de Moutier, parle de fonder officiellement une Section, ce qui se concrétisera en 1880. Il en sera le premier président.
On compte environ 50 sociétaires issus de La Prévôté en 1898. À l'AG de 1920 à Moutier, la Section se plaint des effets néfastes de l'après-guerre ; elle présente pourtant une liste de 127 sociétaires, qui passera à 167 en 1928.
De 1920 à 1960, La Prévôté est subdivisée en quatre groupes : Tavannes, Reconvilier, Court et Moutier, qui fournissent à tour de rôle un Comité à la Section. Pour la deuxième fois, Tavannes reçoit l'AG en 1930. La présidence de la Section est alors assumée par Jean-Louis Herzog, pasteur à Bévilard.
C’est au Foyer de la paroisse réformée (pour la partie administrative) et à la Maison des Œuvres (pour le banquet) que le président de la Section, Georges Frepp, a le plaisir d'accueillir l'AG à Moutier en 1942. Le groupe de Tavannes fait quant à lui preuve d’un grand dynamisme et n'hésite pas à inviter Henri Guillemin, membre de l'Ambassade de France à Berne, pour donner une conférence. Pour la première fois de son histoire, Reconvilier, sous la présidence d'Henri Benoît, reçoit l'AG en 1950.
Associé à la Société des spectacles locale, le groupe de Moutier et le groupe de Tavannes collaborent avec la Société des conférences afin d’organiser des manifestations culturelles. Albert Steullet, président du Tribunal de Moutier, est à la tête de la Section en 1959.
L’Abbé Pierre est accueilli en 1960 au Stand de la ville, et le bureau de Section s'établit définitivement à Moutier. C’est là que se déroule l’AG de 1961, année de la révision des statuts de la Société jurassienne d'émulation.
Présidée par Max Robert, imprimeur à Moutier, la Section accueille l’AG de 1971 en Prévôté. Toute l’énergie du Comité se déploie également dans l’organisation de la troisième Quinzaine culturelle. Précisons que l'Émulation n'a alors plus le monopole des manifestations culturelles. En effet, d'autres groupements tels que le Club des Arts, l'Université Populaire ou la Société des spectacles étoffent l’offre.
Pour marquer les 100 ans de la Section, en 1981, le Comité central de la SJE se déplace à Moutier pour son AG. Philippe Degoumois, avocat et notaire à Moutier, est élu président. Par la suite, 60 nouveaux sociétaires adhèrent à la Section.
Alain Steullet, avocat, est le dernier président à accueillir une AG en Prévôté, en 1993.
Pour le 150ème de la SJE, en 1997, le Comité de La Prévôté, présidé par Bernard Mertenat, participe à quelques événements mis sur pied par le Comité central dans le district de Moutier.
Les festivités du millénaire de la donation de l’Abbaye de Moutier-Grandval à l’évêque de Bâle s’organisent en collaboration avec la Section en 1999. A partir de 2001, suite à la démission de Bernard Mertenat, le poste de président reste vacant.
En 2006, la Section compte cent membres… mais plus de Comité organisé ! En 2010, Claude Monnerat, géomètre de Moutier, est élu président ; le Comité comprend alors six autres membres.
Stéphane Froidevaux, historien et conservateur au Musée du Tour automatique et d’Histoire de Moutier (MTAH), est nommé président en 2017. La Section compte alors 68 membres, dont 12 couples.
En 2019, la Section accueille l’AG de la SJE.