A côté de la parution annuelle des Actes, la Société jurassienne d’émulation (SJE) s'est toujours préoccupée de favoriser l'édition d'ouvrages jurassiens. Depuis les années 1990, l'édition devient l'une des activités majeures de la SJE, sous l'impulsion tout d’abord d'Alphonse Widmer. Lui succédant à la tête de la Commission des Éditions, Bernard Bédat, Claude Rebetez et Michel Angi ont enrichi la palette des collections et des ouvrages édités par la SJE (cf. catalogue et collections). En 2007, la Commission s’est rajeunie sous la responsabilité de François Friche, puis, dès 2013, sous celle de Valery Rion. En janvier 2019, c'est Pamella Guerdat qui reprend la responsabilité de la CE.
La SJE compte aujourd’hui de nombreuses collections, dont les plus connues sont les collections historiques « Rouge et Or » et « L’Œil et la Mémoire », de même que les collections artistiques « L’Art en Œuvre » (monographies d’artistes) et « Le Champ des signes » ; cette dernière instaure une connivence entre littérature et Beaux-Arts par la collaboration entre un auteur et un artiste.
En 2015, une nouvelle collection, littéraire cette fois, voit le jour : intitulée « AEncrages », elle souhaite affirmer son ancrage régional et son soutien à la création par la publication de jeunes auteurs jurassiens ou résidant dans le Jura historique. Son premier roman, Coup de sac, de Marie Houriet, obtient un vif succès et connaît une seconde édition. Publié en 2017, Le Caméléon est le second ouvrage de la collection. Il s'agit d'un roman d'Édouard Choffat illustré par l'artiste Yves Hänggi.
Parallèlement, la SJE produit des ouvrages hors collection. Citons par exemple la Nouvelle histoire du Jura (1984) et l’Anthologie de la littérature jurassienne 1965-2000 (2000). A l’instar de cette dernière, deux romans de Pascal Lovis (2016, 2018) paraissent en coédition.
Le Comité directeur supervise le travail de la Commission.