Au XIXe siècle, les Assemblées générales de la Société jurassienne d'émulation étaient le lieu de rencontre où écrivains, historiens ou scientifiques venaient présenter et confronter les résultats de leurs travaux et de leurs recherches. Elles perdirent peu à peu ce rôle.
L'Émulation pouvait « être fière du travail accompli et satisfaite d'avoir pu grouper sous son drapeau tant de défenseurs de la langue française, de l'esprit latin et des traditions jurassiennes », selon la déclaration du maire de Porrentruy, Paul Billieux, lors du banquet du centenaire. Mais en s'ouvrant à une élite cultivée, répartie dans une quinzaine de sections plus ou moins dynamiques, la Société ne s'était-elle pas éloignée de l'esprit des fondateurs ? Etait-elle encore, comme au milieu du XIXe siècle, le « petit centre d'activité capable de fournir son contingent au mouvement intellectuel helvétique » qui faisait la fierté de Jules Thurmann ?
Au milieu des années 1960, sous l’impulsion d’une direction renouvelée, quelques colloques – qui « nous rapprochent de l'esprit des fondateurs de l'Émulation » – sont mis sur pied. En 1968, l'organisation d'un colloque d'histoire à propos de la Franchise d'Erguël de 1556, ainsi que la formation d'une commission chargée de continuer la Bibliographie jurassienne, soulignent la volonté « de renouer avec une tradition érudite illustrée par deux de ses membres éminents » : Gustave Amweg et Joseph Trouillat. « Pour stimuler son intellectualité tout en restant ouverte au public, pour éviter la dispersion des travaux de recherche, l'Émulation aurait intérêt à créer des Cercles d'Études », rapporte Victor Érard lors de l'Assemblée générale de 1969, en annonçant la constitution imminente d'un Cercle d'Études historiques.
A partir de 1970 et à la suite de la création de ce premier Cercle d'Études, les différents Cercles ont permis à l'Émulation de retrouver un contact direct avec la recherche et de regrouper tous les membres de la Société, professionnels et amateurs éclairés, qui désiraient se vouer à l'étude d'un domaine particulier de la connaissance. A la suite de l'élan de 1970 furent en effet créés, en 1971 le Cercle d'Études scientifiques , en 1990 le Cercle d'Archéologie , en 1997 le Cercle de Mathématiques et de Physique , et en 2000 le Cercle de Patois. L’année 2005, enfin, vit émerger le Cercle littéraire.
Les six Cercles d'Études réunissent donc des professionnels et des amateurs éclairés issus de domaines spécifiques et visent, au moyen de conférences, de colloques, de visites, d'expositions et de publications, à rendre compte des recherches entreprises auprès du plus grand nombre. Les Cercles encouragent tout particulièrement les jeunes chercheurs.